طراحی واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز بهبودیافته جهت تشخیص مولکولی باکتری استرپتوکوکوس نیومونیا

زمینه و هدف: باکتری استرپتوکوکوس نیومونیا عامل مننژیت باکتریایی و یک عامل مهم مرگ و میر در کودکان و افراد سالخورده است. کنترل این بیماری نیز وابسته به تشخیص سریع باکتری می‌باشد. روش‌های تشخیص این باکتری شامل رنگ‌آمیزی گرم، کشت و تست‌های سرولوژیکی است. این روش‌ها وقت‌گیر و در اثر مصرف آنتی‌بیوتیک منجر به نتایج منفی کاذب می‌شوند. در حال حاضر، روش‌های مولکولی مانند PCR به‌صورت روزانه برای تشخیص عوامل عفونی استفاده می‌شوند. این مطالعه با هدف طراحی یک واکنش بهبودیافته PCR جهت تشخیص باکتری استرپتوکوکوس نیومونیا صورت گرفت. روش بررسی: پرایمرهای تشخیصی اختصاصی براساس ژن ply باکتری طراحی گردید. پس از تکثیر ژن هدف در DNA ژنومی باکتری، محصول PCR در پلاسمید pTZ57R/T کلون شد و پلاسمید تأییدشده pTZ-ply به‌عنوان کنترل مثبت در آزمایشهای بعدی مورد استفاده قرار گرفت. جهت تعیین حساسیت واکنش، رقت‌های متوالی 10 تایی از پلاسمید pTZ-ply تهیه و بر روی آنها واکنش PCR انجام گرفت. برای تعیین ویژگی واکنش از ژنوم تعدادی باکتری‌ مرتبط یا غیرمرتبط در واکنش  PCRاستفاده شد. یافته‌ها: نتایج PCR مطابق انتظار، قطعه 727 جفت باز را نشان داد. هیچ‌گونه تکثیری در PCR بر روی ژنوم باکتری‌های کنترل منفی دیده نشد. این نتایج نشان‌دهنده ویژگی بالای واکنش PCR بود. پایین‌ترین حد تشخیص این آزمون در تشخیص ژن ply، 250 کپی از ژن در یک واکنش 25 میکرولیتری بود. نتیجه‌گیری: حساسیت، ویژگی و سرعت بالای آزمون طراحی‌شده، آن را به‌عنوان یک تست مناسب برای استفاده در آزمایشگاه‌های کلینیکی مطرح می‌کند. همچنین ارزیابی بیشتر این آزمون با استفاده از نمونه‌های کلینیکی یا مواد آلوده‌شده مصنوعی، کاربرد این روش را در مجموعه‌‌ای کلینیکی تأیید خواهد کرد.